Ład aktualny kościoła pochodzi z ostatnich prac pewnych wielkości przeprowadzonych w drugiej połowie XIX wieku, kiedy odrestaurowano fasadę wschodnią i poszerzono wnętrze w kierunku północnym z nową nawą i trzema kaplicami bocznymi, nadając budowli aspekt asymetryczny. Rzeczywiście nie można było więcej budować innych naw przeciwległych aby otrzymać kompletną symetrię, z powodu obsunięć jakie w między czasie miały miejsce na grzbiecie skalnym Terra Murata: dziś strona południowa opactwa wysuwa się niemal pionowo do morza, gdy tymczasem stare dokumenty wskazują na obecność niektórych terasów na terenach uprawnych winnic, wcześniej przed nadejściem morza. Erozja naturalna i wykorzystywanie zaślepionego kamieniołomu z tufu u stóp spowodowały obsunięcia.

Opactwo benedyktyńskie San Michele Arcangelo nie było jedynym kompleksem klasztornym na Terra Murata: w 1585 roku Kardynał Innico d'Avalos przyznaje dominikanom przeniesienie własnej siedziby Santa Margherita z Chiaiolella (na przylądku naprzeciw Vivara) na punkt południowy Terra Murata (od tego momentu zwanego Punta dei Monaci), nadając nowemu klasztorowi nazwę Santa Margherita Nuova. Krachy statyczne jakie kompleks poniósł szybko w okresie z powodu obsunięcia się grzbietu, na tym obszarze bardziej niebezpiecznym niż gdzie indziej, przyniosły definitywne opuszczenie kompleksu w minionym wieku, a który nie został przywrócony więcej do funkcjonowania.