L'assetto attuale della chiesa si deve agli ultimi lavori di una certa grandezza eseguiti nella seconda metā del XIX secolo, che restaurarono la facciata orientale e allargarono l'interno verso nord con una nuova navata e tre cappelle laterali, dando all'edificio un assetto asimmetrico. In effetti non si poteva pių costruire l'altra navata opposta per ottenere la completa simmetria, a causa delle frane che nel frattempo si erano verificate sul costone roccioso della Terra: oggi il lato meridionale dell'abbazia si affaccia quasi a picco sul mare, mentre antichi documenti attestano la presenza di alcuni terrazzamenti nel terreno coltivati a vigneto, prima di giungere al mare. L'erosione naturale e lo sfruttamento indiscriminato delle cave di tufo sottostanti hanno provocato le frane.

La abbazia benedettina di San Michele Arcangelo non č stato l'unico complesso monastico della Terra Murata: nel 1585 il cardinale Innico d'Avalos concede ai frati domenicani di spostare la propria sede da Santa Margherita alla Chiaiolella (sul promontorio di fronte a Vivara) sulla punta meridionale della Terra (da allora detta Punta dei Monaci), chiamando il nuovo monastero con il nome di Santa Margherita Nuova. I dissesti statici che il complesso ha subėto nel tempo a causa dei cedimenti franosi del costone, in questa zona pių gravi che altrove, hanno portato al definitivo abbandono nel secolo scorso del complesso, che non fu rimesso pių in funzione.