Il soffitto a lacunari di legno decorati in oro fu compiuto negli anni a cavallo del 1700. Esso assolveva alla funzione di ricoprire le travi e le capriate in legno a vista del tetto e nel contempo a conferire alla chiesa un aspetto più ricco e sontuoso. Al centro è incastonata una tela del 1699 che raffigura San Michele che scaccia il Diavolo. Questa tela è stata a lungo al centro di una disputa attributiva poiché è firmata con la sigla "L.G." in cui alcuni hanno voluto leggere la firma del famoso pittore napoletano Luca Giordano. Oggi i dubbi sono dissipati a seguito del ritrovamento delle carte attestanti il pagamento dell'opera, fatto al pittore romano Luigi Garzi che, pur non essendo altrettanto famoso del Giordano, fu tuttavia pittore di livello, noto ed apprezzato nella sua epoca. Una ingente quantità di oro fu impiegata per la decorazione dei lacunari, eseguita da artigiani tra i più richiesti nella capitale Napoli, a testimonianza della ricchezza e della importanza della abbazia procidana.

La cupola emisferica della chiesa, di netta impronta bizantina, è impostata su un alto tamburo, che poggia su grandi archi a tutto sesto, a loro volta basati su larghi pilastri rettangolari. Sulla base del tamburo si aprono strette e alte finestre che illuminano l'interno. Oggi la cupola appare intonacata in bianco, ma in precedenza era stata interamente affrescata da un pittore locale del Seicento, del quale restano solo i dipinti sui quattro pennacchi del tamburo raffiguranti i Quattro Evangelisti, ridipinti nel corso dell'Ottocento. Secondo quanto testimoniato dalle fonti, gli affreschi della cupola, un tempo orgoglio degli abati locali, raffiguravano la Vergine Incoronata tra cori di angeli e beati. Il tamburo era invece affrescato con scene dei cosiddetti "Misteri", ovvero raffigurazioni allegoriche della Passione di Cristo. Un fulmine colpì nel 1836 la cupola, scrostando in più punti gli affreschi: i danni erano troppo ingenti per poterli restaurare, così si decise la loro definitiva rimozione.  [ Segue...]