Po śmierci Lucullusa willa stała się po części majątkiem imperialnym i przeszła w niedługim czasie zmiany funkcji w więzienie złocone przez wpływowe i niewygodne osobistości, podczas licznych spisków i walk w następstwach tronu cesarsko-rzymskiego. Postępując pierwsze inwazje barbarzyńskie, najwyższa część willi, mur graniczny fortyfikacji zmieniły swą nazwę na Castrum Lucullanum. W 476 roku n.e., król barbarzyński Odoacre, więził ostatniego cesarza Romolo Augustolo, zaznaczając definitywny koniec imperium rzymskiego na Zachodzie, potem Neapol przez kilka wieków był dukatem bizantyjskim formalnie zależnym (lecz istotnie autonomicznym) od Imperium Rzymskiego na Wschodzie.

W późniejszym czasie mała wysepka Megaride gościła Convento del Salvatore (Zakon Zbawiciela), prowadzony przez mnichów bizantyjskich naśladowców San Basilio. Z tego okresu pozostały ślady Cappella del Salvatore (Kaplica Zbawiciela) i tak zwanej Sala delle Colonne (Sala Kolumnowa), prawdopodobnie refektarz klasztorny z kolumnami odzyskanymi wcześniej z willi rzymskiej. Jednakże w X wieku kompleks został ewakuowany a fortyfikacja okupowana przez garnizon wojskowy w obawie o ataki saraceńskie, które miały początek na wybrzeżach południowych Włoch, a które trwały w fazach zmiennych aż do końca XVI wieku.  [ Dalej...]