Kościół ma plan kwadratu podzielonego w sposób podłużny i dwie nawy kościelne o jednakowych szerokościach, które zakończone są dwoma bliźniaczymi ołtarzami; każda nawa zbudowana jest z dwóch przęseł, które przykryte są sklepieniem krzyżowym. Kwadrat ogólny, następnie podzielony jest na cztery kwadraty i na cztery sklepienia krzyżowe nakrywające się i zbiegające na jedyny pilaster centralny pomiędzy dwoma nawami. Portal wejściowy z portykiem jest decentralizowany i wchodzi do nawy od lewej strony. Różne pomieszczenia przedstawiają odmienne typy pokrycia: sklepienia krzyżowe w kościołach, małe kopuły półkoliste w zakrystiach, a sklepienia kolebkowe w celach zakonników.

Po wielu dziesięcioleciach opuszczenia, kościół i pustelnia Santa Maria di Cetrella, w ostatnich latach zmieniły strukturę i funkcjonują na nowo, także jako siedziba liturgiczna w szczególnych okazjach: niektóre dni w miesiącu maju, tradycyjnie dedykowane Matce Boskiej, a w październiku, gdy przypada uroczystość doroczna tego Kościoła. Po części w tych specjalnych okazjach kościół zostaje otwarty przeważnie jeden raz w tygodniu w sobotę popołudniu, aż do zachodu słońca. Podczas tych popołudni jest także możliwe spotkanie członków Stowarzyszenia Przyjaciół Cetrelli, dobrowolnie oddających godziny pracy w dniach wypoczynku, aby pomóc w odzyskaniu całego obszaru Cetrella: ich zasługą jest restauracja małego Obserwatorium Astronomicznego i pobliskiej Villi di Cerio, która wcześniej znajdowała się w całkowitym stanie opuszczenia.