I vari ambienti della Certosa sono tutti collegati tra loro e potrebbero essere visitati in sequenza partendo dalla chiesa: un corridoio voltato la unisce al Refettorio (oggi adibito a Museo per i quadri di Diefenbach) e ai due chiostri. Tuttavia nella Chiesa, così come nel Chiostro Piccolo, oggi non si entra direttamente dall'esterno, ma dall'interno del Museo negli orari di apertura, per mantenere questi luoghi nelle migliori condizioni possibili. Dopo aver perso la sua centralità nella vita religiosa dell'isola, la Certosa è oggi considerata soprattutto come luogo ideale di manifestazioni a carattere culturale.

Alle spalle della Certosa si trova un giardino che termina con due piccoli belvedere: uno affaccia sui Faraglioni, l'altro sulla baia di Marina Piccola. Lo strapiombo visibile da questi terrazzini può dare una idea della originaria posizione del monastero, alle spalle del centro abitato e delle sue mura e difeso dal mare da un ripido e difficilmente accessibile costone roccioso. Bisogna inoltre immaginare la zona circostante senza le attuali costruzioni, case ed alberghi, che oggi assediano la Certosa: si potrà allora immaginarla nel suo splendido isolamento, ergersi bella e sdegnosa al centro della fertile e disabitata valle nel cuore di Capri.