La Certosa ha due chiostri, costruiti in epoche diverse e dai diversi caratteri formali. Il Chiostro Grande non fa parte della prima costruzione del Trecento, ma risale all'ampliamento fatto nel Seicento. È uno spazio vasto e pieno di luce, in contrasto con gli ambienti più chiusi e meno luminosi del nucleo originario. Gli archi sono sorretti da robusti pilastri e lungo i lati del chiostro si trovano le celle dei monaci, piuttosto grandi secondo l'uso dei certosini. Le celle avevano l'ambiente di lavoro annesso a quello privato, entrambi spaziosi e luminosi: oggi sono in parte adibite ad aule scolastiche dal locale Liceo Classico. L'ampio giardino interno probabilmente ospitava in origine il cimitero dei monaci.

Il Chiostro Piccolo è invece quello trecentesco originario. Il restauro degli anni Venti ha riportato alla luce le sottili ed eleganti colonnine con capitello di origine romana, sicuramente prese da una delle ville imperiali romane presenti sull'isola e che erano state ricoperte nel Seicento da robusti pilastri simili a quelli del Chiostro Grande per uniformare lo stile. Proprio per la presenza di queste colonne, alcuni ritengono che la Certosa sia stata edificata sopra una preesistente villa romana, ma mancano prove a sostegno di questa ipotesi. Al centro del Chiostro Piccolo c'è un pozzo da cui i monaci traevano l'acqua piovana raccolta dai tetti a volta estradossata.  [ Segue...]